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中心實行企業化管理，主任負責制，按照上市公司的規范，建立了股東大會制度，成立了董事會，董事會下設提名委員會、薪酬與考核委員會、審計委員會、戰略決策委員會四個委員會。企業的重大決策由董事會決定，監事會依法履行監督職責。董事會聘任總經理，設立總經理辦公會和管理者代表，負責企業的日常業務工作。建立和健全了一整套嚴格科學的管理體系,形成了以人為本的責任保障體系。自主經營、自負盈虧、自我發展、自我約束，實行競爭、激勵、約束機制，實施知識、人才、崗位的動態管理。
在管理上，嚴格按照《公司法》的有關規定，運用現代企業制度加強管理。通過產權制度的改革，建立了明確的出資人制度和企業法人財產制度，形成了科學的法人治理結構。
在用人上，堅持以人為本，對人員實行知識、人才、崗位的動態管理。對所有聘用人員采取崗位合同制，定崗位、定任務、定待遇、定獎罰、定權力、定義務、定費用、定違約責任，定崗后進行定期考核，全面評定工作任務的完成情況、研究水平、成果開發應用規模及效益等，以此作為能否勝任所在崗位工作和年薪水平的重要依據，極大地調動了全體員工的積極性。
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